Các nhà khoa học Việt đã xây dựng thành công quy trình công nghệ giải trình tự virus gây Covid-19 bằng hệ máy giải trình tự thế hệ mới PacBio Sequel.
Việc ứng dụng thành công công nghệ giải trình tự hệ gene đoạn dài của PacBio đối với nCoV mở ra khả năng giải trình tự hệ gene virus nhanh, chính xác mà không cần dựa vào trình tự gene tham chiếu quốc tế. iúp các nhà khoa học giải trình tự các virus gây bệnh mới mà không cần hệ gene tham chiếu.
Quy trình gồm 6 bước: Nuôi cấy và tách chiết ARN virus; Tổng hợp cDNA sợi đôi từ ARN virus; Chuẩn bị thư viện DNA để giải trình tự gene; Giải trình tự toàn bộ hệ gene virus nCoV; Lắp ráp de novo hệ gene virus; Chú giải và phân tích hệ gene virus.
Kết quả này có được từ đề tài “Giải trình tự de novo virus SARS-CoV-2 gây bệnh viêm đường hô hấp cấp Covid-19 bằng hệ máy giải trình tự thế hệ mới PacBio Sequel”. Do Viện Công nghệ Sinh học, Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam thực hiện. Đáp ứng nhu cầu hỗ trợ xử lý dịch bệnh Covid-19 tại Việt Nam từ năm 2020.
Viện Công nghệ sinh học phối hợp với Viện Pasteur TP HCM và Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương Hà Nội (NIHE) đã phối hợp xây dựng quy trình kỹ thuật giải trình tự toàn bộ hệ gene nCoV bằng công nghệ giải trình tự đoạn dài của PacBio. Đây là hệ thống giải trình tự thông lượng cao. Đồng thời hoàn toàn tự động với chi phí thấp. Thời gian khoảng 48 giờ sau khi có kết quả nuôi cấy và tách chiết ARN virus. Cùng lúc tổng hợp cDNA sợi đôi ARN virus.
Theo nhóm nghiên cứu, so sánh trình tự hệ gene của các chủng virus lưu hành ở Việt Nam đến 1/4/2021 cho thấy, hiện ở Việt Nam đã xuất hiện đủ 8 nhóm của nCoV. Theo phân loại của GISAID với hàng chục biến thể khác nhau.
Góp phần xác định nguồn lây và số lượng nguồn lây
Kỹ thuật giải trình tự gene này góp phần vào việc xác định nguồn gốc virus. Đồng thời là số lượng nguồn lây (F0) trong các ổ dịch. Là cơ sở khoa học, thông tin quan trọng trong chiến lược, chống hiệu quả sự lây lan của virus.
Với việc làm chủ quy trình công nghệ, năng lực và điều kiện hiện có. Đại diện Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam cho biết sẵn sàng hợp tác với các đơn vị y tế trong việc giải trình tự hệ gen của virus SARS-CoV-2 với quy mô lớn trong các trường hợp cấp bách.
Nguồn: VN Express